Franciszkańska Szkoła Muzyki i Liturgii powstała z inspiracji organizatorów Franciszkańskich Warsztatów Muzyki Liturgicznej, które począwszy od 2009 roku odbywają się przy krakowskim klasztorze. Wpisuje się w wielkie dziedzictwo i tradycję Zakonu Franciszkanów. Ponadto odpowiada na wezwanie Soboru Watykańskiego II "aby wszyscy wierni byli wdrażani do pełnego, świadomego i czynnego udziału w obrzędach liturgicznych".